O dönemde Kaptan-ı Derya Yusuf Paşa yirmi beş yıl sürecek Girit seferinin başlangıcı olan adanın batısında bulunan körfez şehri Hanya’yı kansız bir şekilde teslim almıştı. Stratejik öneme sahip olan bu kalenin tamiri ve imar işlerinin görülmesi amacıyla 1646 yılında Hüseyin Paşa Hanya muhafızlığı ile görevlendirildi.
Bu sırada Sultanzade Mehmet Paşa’nın ölümü üzerine Girit serdarlığına getirildi. Kaptan-ı Derya’lık ise Musa Paşa’ya verilmişti. Girit serdarlığı sırasında ilk olarak adanın merkezi olarak kabul edilen Kandiye ve Resmo arasında yer alan Milopotamos (Servi Hisarı) kalesini aldı. Onu müteakip de 39 gün boyunca kuşatma altında tutduğu Resmo’yu ele geçirdi.
Resmo’nun alınması önemli bir zaferdi. Çarpışmalarda Hüseyin Paşa cengâverce savaşıyordu. Bir ara kafasına bir kılıç darbesi almış ve yaralanmıştı. Fakat buna rağmen ayağa kalkıp askerlerine ileri emrini veriyordu. 10.000 evi, 50 kilise ve 150’den fazla saray ve konağı olan Resmo, Kandiye’den sonra Girit de önemli bir merkezdi. Resmo kalesinin en büyük kilisesini camiye çevirip ismini de Sultan İbrahim Camii olarak adlandırdı.
Buraya yakın köylerden beş tanesinin de gelirlerini camiye vakıf olarak tescil etti. Ayrıca burada bir vergi sistemi de kuran Hüseyin Paşa topladığı ilk vergi olan elli bin kuruşu İstanbul’a Sultan İbrahim’e gönderdi. Sultan İbrahim ise bu duruma karşılık olarak Serdar Hüseyin Paşa’ya bir kürk ve kabzası gayet kıymetli altın işlemeli bir kılıç hediye etti.
Resmo’nun teslim alınmasının ardından Hüseyin Paşa’nın yiğitliği ve savaşlardaki başarısı Venedikliler tarafından da takdir görmüştü. Bir rivayete göre Resmo’da Hüseyin Paşanın at üstünde bir tablosunu yapıp Venedik’e göndermişlerdi.
Hüseyin Paşa kendisine ün getiren Resmo zaferinin ardından adanın en önemli şehri olan Kandiye kalesini kuşattı. Kuşatma epeyce uzun süre devam etti. Girit’e yapılan kuşatmayı misillemek ve buraya yardım gitmesini engellemek üzere Venedik donanması Çanakkale Boğazını tıkadı. Boğazda yapılan bu tıkaç Girit’te savaşan Hüseyin Paşa’ya yardım gitmesini engellediği gibi boğazlardan dışarı dahi çıkılmasına müsaade vermiyordu.
Öte yandan Serdar Hüseyin Paşa Girit’te yokluklarla ve kısıtlı bir askeri teşkilatla ayakta durmaya çalışıyordu. Zira Kandiye kalesi içinde sekizyüz pare top, on iki bin firenk muharip asker ve otuz bin kadar yerli kuvvet vardı. Oysa Hüseyin Paşa kumandasında 10 top ve az sayıda donanma askeri mevcuttu. Üstelik donanmadaki askerler uzun zamandır maaşlarını alamıyorlardı.
Yokluklar içinde, maaşları bile gönderilemeyen ordu başlarında Deli Hüseyin Paşa olduğu halde, nice kahramanlık destanları yazıyorlardı. Hüseyin Paşa hücum esnasında en önde, geri çekilme sırasında ise en geriden gelmekteydi.
Çanakkale Boğazı’nda Venedik Donanmasını delmeyi başaran Kaptan-ı Derya Fazlı Paşa ile gelen donanmadan bin beş yüz kadar yeniçeri ile Anadolu’dan gelen asker Kandiye önlerine binbir güçlükle çıkarıldı. Fazlı Paşa’nın getirdikleri arasında Kandiye’nin alınmasında kullanılacak büyük topların karadan nakli müşkül olduğundan bunların donanma ile taşınması gerekiyordu. Oysa Kandiye limanı Venedik gemileri ile doluydu.
Fazlı Paşa’nın acele olarak İstanbul’a geri çağrılması üzerine halka ve askere kıyıdan yollar açtırılıp toplar binbir zorluklarla Kandiye önlerine getirtilebildi. Fakat Serdar Hüseyin Paşa’nın birlikleri hali hazırda Kandiye kalesinin gücünün yanında hiç konumundaydı. Aralarında orantısız bir güç farkı bulunmaktaydı. Devam edecek.