İlçenin güneydoğusunda ilçe merkezinden kuş uçumu 12,5 km mesafede 530 metre rakımda konumlanmıştır. Yenişehir merkezinden Bilecik asfaltı takip edilerek 5. km'den sağa dönülüp asfalt takip edilerek Papatya köyü içerisinden geçilip Günece köyü yanından yol takip edilerek 18. km'de köy merkezine ulaşmak mümkündür.
Yüksekçe bir tepe de kurulu olan köyün kuzeyinde Toprakdere, doğusunda Günece, batısında Alpagut, güneyinde ise Künçeyiz arazileri ile komşudur. Dağ köyü karakteristiklerini taşıyan köyün etrafı neredeyse bütünüyle devlet ormanları ile çevrilidir. Köyün doğu tarafından başlayan Akyol Devlet Ormanı güney kısımlarını tamamen kaplayıp oldukça büyük bir alana yayılmıştır. Doğusunda; Düzpınar, Akçaelma ve Mimyeri, güneydoğusunda Tümsek Tarla ve Domuzdere, kuzeyinde Dedeyanı ve batısında da Havuçalanları Devlet Ormanlar bulunmaktadır. Söz konusu orman alanları birçok ağaç ve bitki çeşidini barındırırken, zengin bir yaban hayatına da ev sahipliği yaparlar. Köyde tabiatın zenginliğinin yanında havanın kalitesi de hemen fark edilmektedir.
Köy yerleşimi iki ayrı tepeden oluşmakta olup, bu iki ayrı tepe köyde iki mahalleyi oluşturmaktadır. Bu mahalleler ise yerel ağızda aşağı mahalle ve yukarı mahalle olarak tabir edilirler. Köyün içerisinden geçen dere Göksu'ya karışır.
Osmanlı öncesi
Oldukça eski tarihlere tanıklık etmiş olan Gökçesu arazisi Osmanlı Devleti'nin kuruluş yıllarına kadar inen tarihi geçmişinin ötesinde arazide bulunan kalıntılardan da anlaşılabileceği üzre çok daha eski dönemlere tarihlendirilebilecek geçmişe sahiptir.
Köyün gerek yerleşim yerinde, gerekse de arazisinde dönem dönem rastlantı olarak veya kaçak kazıların yakalanmaları ile pek çok özellikleri olan taş ya da eserler çıkarılmıştır.
1928 yılında, okulun arkasında bulunan eski gayrimüslim mezarlığında üzerinde bazı eski yazıların bulunduğu kalıntılar bulunmuştu. 1940'lı yıllarda yaklaşık 2,5-3 metre boyunda kare prizma şeklinde, bütün yüzleri yazılı ve kabartmalı olan bir eser bulunmuş ve bu eser Bursa'ya götürülmüştü. Yine 1960 yılında köy iskân merkezi yakınlarında bulunan mermerhane civarında konumlanan Dede Çeşmesi olarak anılan yerde, Roma dönemi ile tarihlendirilen kalıntılar bulunmuş ve bu eserler o dönemde İznik Müzesine teslim edilmişti. Yine 1960'lı yılların sonlarında, yarım bir heykel bulunmuş, bu da jandarma kanalıyla Bursa'ya götürülmüştür. Düne kadar köyün içinde o günlerden kalma üzerinde haç işareti bulunan taşlara, sütunlara, dibek taşlarına rastlanmaktaydı.
Köyün doğusunda Alanlar olarak bilinen mevkide bulunan kalıntılar Roma ve Bizans dönemlerine tarihlendirilmiş ve 2013 yılında Bursa Kültür Varlıklarını Koruma Bölge Kurulu tarafından tescillenerek 3. derecede arkeolojik sit alanı ilan edilmiştir.
Tabula Peutingeriana'da Nicaea/İznik'den 24 Roma mili (yaklaşık 34 km.) mesafede zikredilen Agrillo antik kenti Yarhisar Köyü civarında konumlandırılmaktadır. Gökçesu ile Yarhisar arasındaki Güllük denilen mevkide de antik kalıntılar bulunmaktadır. Kaplanoğlu Gökçesu köyünde antik Gerusia adlı bir yerleşim yeri olduğunu düşünmektedir.
Köyün güneyinde bir tepede yer alan ve köylülerce Orhan Kalesi olarak adlandırılan kalıntılar olasılıkla Bizans dönemi kalıntılarıdır. Özügül; VIII. ve X. yüzyıllarda Yenişehir çevresindeki ilk ve ortaçağ kalelerini sayarken Gökçesu kalesinden de bahsetmektedir. Söz konusu kaleyi Bithynia'nın sınır bölgesinde askeri birliklerin toplanma alanı olan bir kale olarak tanımlamaktadır.
Osmanlı Devleti kurucusu Osman Bey'in oğlu Orhan Bey döneminde restore edilmiş veya ilaveler edilerek Orhan Bey kalesi ismini almıştır. Kale Yarhisar tekfurluğuna yakınlığından stratejik bir öneme sahip noktada ve Köprühisar Kalesi kuşatması sırasında askeri üs olarak kullanılmış olmalıdır. Kalenin bugün sadece iki duvarı harabe halde de olsa belirgin olarak durmaktadır. Arazi yapısı ve temel kalıntıları iç içe geçmiş çember biçimini andıran bir yapıyı işaret etmektedir. Son kalıntıları ile yaşama direnen bu harabe Orhan Kalesi tüm işlevlerinin yanında yüksek ve hâkim konumuyla haberleşmeyi de sağladığı sanılmaktadır. Köyde halen Orhan Mevkii adında bir yer mevcut olup, adına bir de çeşmesi vardır. Ayrıca kale kalıntılarının bulunduğu bu tepede bir mağara olduğu söylenmektedir.
Kalenin olduğu alanın altındaki Kirezce Pınarı olarak adlandırılan mevkide bulunan düzgün taşlarla döşenmiş olduğu belli olan yolun batıya doğru Yarhisar Tekfurluğu'na devam ettiği söylenmektedir. Söz konusu yol antik Roma döneminde Anadolu'dan geçen ve Orta Asya'ya, Kudüs'e kadar uzanan yol şebekesinin bir koludur. Mevcut yol kalıntısının dahi bölgenin tarihinin çok eskilere gittiğinin bir işaretidir. Devam edecek
