Osmanlı kuruluş döneminde
Osmanlı devletinin kuruluş yıllarında; Osman Bey ve çevresinin Karacahisar, Kulaca, İnegöl, Yarhisar ve Bilecik Tekfurlukları ile yaptıkları mücadeleden galip çıkmalarının ardından özellikle sırtlarda kurulu olan savunmaları zayıf, nüfus yapıları az olan köy veya çiftlik yerleri ahalisi güvenlik endişeleri ile yerlerini terk etmişlerdi. İşte Gökçesu'da bu terk edilmiş Bizans köylerinden birisidir. Osman Gazi çeşitli bölgelerden gelip emri altına giren Türkmen Beylerine bu boş virane köyleri verirken etrafta çeşitli askeri garnizonlar oluşturarak güçlenmeyi hedef almaktaydı.
Gökçesu Köyü Osman Gazi tarafından Uzgunluk Aşiretine verilmiştir. Aşiretin lideri Süleyman Bey'dir. Süleyman Bey aşireti ile birlikte Ertuğrul Gazi'den çok önceleri Söğüt bölgesine gelip yerleşmiştir. Kayıtlarda Süleyman Bey'in bölgeye ne zaman geldiği ile ilgi bir bilgi yoktur, Hemen tüm kaynaklar tarih olarak Ertuğrul Gazi'den önce ibaresini kullanmaktadır. Büyük bir olasılıkla bu yerleşme, 1075'de Kutalmışoğlu Süleyman Şah'ın İznik'i fethi ya da 1080'de İznik'in Selçuklu devletinin başkenti olmasından, 1097'de Godefroy De Bouillon'un başkomutanlığında I. Haçlı Ordusunun İznik'i kuşatması tarihleri arasında olması muhtemeldir. Yine de kesin bir şey söylemek mümkün değildir.
Ertuğrul Bey'den önce bölgeye gelen Uzgunluk Aşireti liderleri Süleyman Bey, Osman Gazi'nin liderliği ile Osman Gazi'ye intisap etmiştir. Köprühisar zaptından önce Köprühisar etrafını güvenlik altına almak isteyen Osman Gazi, Rustum sırtlarına Rüstem Bey'i, Kızılköy sırtlarına Kızıl Aşiretini yerleştirirken Gökçesu Sırtlarına da Süleyman Bey liderliğindeki Uzgunluk Aşiretini yerleştirdi. Savaşçı özelliği ile dikkat çeken Süleyman Bey ve efradı özellikle Köprühisar kuşatmasında önemli roller oynamıştır. Süleyman Bey'in vefatının ardından oğlu İne Bey'e (bazı kayıtlarda Eyne Bey) kalan bu topraklar Yenişehir'in kurulmasına kadar Uzgunluk Aşireti ahalisine ev sahipliği yapmıştır. Yenişehir'in kurulmasından sonra ise aşiret Osman Gazi'ye destek ve onun daha yakınında olabilmek için buraları terk ederek Afşar ve Alaylı köyleri civarına yerleşti.
Uzgunluk aşiretinin bölgeyi tamamen terk ederek boşaltmasının ardından ise Osman Gazi köyü Şeyh İshak zaviyesine verdi. İshak Kazuruni'nin vakıf arazilerine dâhil olan köyün geliri Bursa'da ki zaviyesine harcanmaktaydı. Köyün vakıf kaydı 1800'lü yıllara ait belgelerde de bu şekilde gösterilmesinden bu tarihlere kadar değişime uğramadan devam ettiğini gösterir.
Şeyh İshak'a vakfedilen köy sırasıyla; oğlu Hacı Mehmed'e ve onun oğlu İshak’a ve onun oğlu İshak'a ve onun oğlu Hacı İbrahim ve onun oğlu Ali'ye kalmıştır.
Osmanlı idaresinde
Mevkii dolayısıyla Yarhisar ve Köprühisar kalelerine yakın konumu kuruluş döneminde köyün askeri ve stratejik açıdan önem arz ettirdiğini belirtmiştik. Özellikle Yenişehir'in kurulması ve Osmanlı topraklarının genişlemesi ile içte kalan köy kısa zaman içerisinde konumundaki bu özelliğini yitirmiştir.
Köyün güney kısmında, köyden yaklaşık 3 km uzaklıkta halk tarafından Pınarbaşı olarak adlandırılan Gökçesu Deresi'nin kaynağı bulunmaktadır. Soğuk bir su kaynağı olan bu yer yüksek bir mevkide, etrafını ağaçların çevrelediği manzaralı bir yerdir. Osman Gazi ve arkadaşlarının kayıtlarda veya romanlarda adı geçen ve sık sık gidip piknik yaparak eğlenip dinlendikleri "Pınarbaşı" muhtemeldir ki burasıdır.
Uzun yıllar Yarhisar nahiyesine bağlı bir köy konumda olan Gökçesu ilk dönemlerde kurulan Şeyh İshak Zaviyesinin vakıf köyü olarak toprakları üzerinde yer alan çiftliklerin gelirleri ile Bursa'da bulunan zaviyenin gelir kaynağı olmuştur.
1530 yılına ait bir kayda göre zaim, sipahi tımarıdır. Bu tabirden anlaşılacağı üzere de bu tarihte köy halkı sipahi olarak savaş durumunda hizmet edecek askerlerden oluşmaktadır.
Köyün vakıf kayıtları 1800'ü yıllara kadar gitmektedir. Ankara Tapu Kadastro Arşivinde bulunan 1573/981 tarihli Tapu Tahrir Defterindeki kayda göre Yarhisar Nahiyesine bağlı bir karye/köy olan Gökçesu'da hariçten ziraat yapılmaktadır. Ekilen ürünler arasında; havuç, ceviz, darı bulunmaktadır. Söz konusu defterde bu tarihteki çiftlik tasarrufları da şöyle sıralanmıştır; Kara-oğlan Çiftliği büyük çiftliklerdendir. Recep oğlu Ali, Ayvati oğlu, Sefer oğlu Hamza, Ahmet oğlu Musa, Mustafa oğlu Mehmed, Habib oğlu Piri, Mehmet, Sinan ve Ahmed biraderler, Hüseyin oğlu Mustafa, Timur oğlu Mustafa.
İlerleyen zamanlarda vakfın işlevselliğini yitirmesi, zaviyenin terk edilmesi ile gerek çiftlik işlerinde çalışan, gerekse de çevrede yaşayan köylüler ellici veya eşküncül ortak olarak işledikleri tarlaların zamanla sahibi olmuşlardır ve köy bugünkü durumuna ulaşmıştır. Devam edecek
